ინფორმატიკისა და მართვის სისტემების ფაკულტეტზე სასწავლო-სამეცნიერო მუშაობა მიმდინარეობს სხვადასხვა დეპარტამენტებში:

• კომპიუტერული ინჟინერიის დეპარტამენტი
• ინტერდისციპლინური ინფორმატიკის დეპარტამენტი
• ეკონომიკური ინფორმატიკის (ინფორმაციული სისტემების) დეპარტამენტი
• მართვის ავტომატიზებული სისტემების (პროგრამული ინჟინერიის) დეპარტამენტი
• მართვის სისტემების დეპარტამენტი
• მიკროპროცესორული და საზომი სისტემების დეპარტამენტი
• ბიოსამედიცინო ინჟინერიის დეპარტამენტი
• გამოთვლითი მათემატიკის დეპარტამენტი
• ხელოვნური ინტელექტის დეპარტამენტი
• საინჟინრო ფიზიკის დეპარტამენტი
• მათემატიკის დეპარტამენტი

ინფორმატიკისა და მართვის სისტემების ფაკულტეტს ფუნქციონირებს სასწავლო სამეცნიერო ლაბორატორიები და ცენტრები, რომლებიც აღჭურვილია თანამედროვე მატერიალურ-ტექნიკური ბაზითა და პროგრამული რესურსებით.

• ინფორმატიკის და მართვის სისტემების სასწავლო-სამეცნიერო ლაბორატორია
• საინჟინრო ფიზიკის ლაბორატორია
• კომპიუტერული ქსელის მართვის ცენტრი  

ფაკულტეტზე ასევე დაფუძვნებულია და წარმატებით ფუნქციონირებს კომპიუტერული ქსელური CISCO-ს აკადემია, რომელიც საშუალებას იძლევა მიღებულ იქნას პრაქტიკული და თეორიეული ცოდნა ინფორმაციულ და საკომუნიკაციო ტექნოლოგიებში.