დეპარტამენტს საფუძველი დაედო 1940 წელს, როდესაც შეიქმნა, ,,საავტომობილო ტრანსპორტის“ კათედრა.

1946 წელს ,,საავტომობილო ტრანსპორტის“ კათედრას გამოეყო კათედრა სახელწოდებით - ,,ავტომობილები, ტრაქტორები და საავტოტრაქტორო ძრავები”. 1971 წელს იგი გაიყო ,,ავტომობილებისა და ტრაქტორების“ და ,,შიგაწვის ძრავების“ კათედრებად, ხოლო 1984 წელს კათედრები კვლავ გაერთიანდა და დაერქვა ,,ავტომობილების, შიგაწვის ძრავებისა და საწვავ-საზეთი მასალების“ კათედრა. 1998 წელს უკანასკნელისა და ,,საავტომობილო ტრანსპორტის“ კათედრების შერწყმით შეიქმნა ახალი კათედრა, რომელზეც თავი მოიყარა საავტომობილო დარგის თითქმის ყველა სპეციალობამ და კვლავ ეწოდა ,,საავტომობილო ტრანსპორტის“ კათედრა (ამჟამად დეპარტამენტი).

,,ლოგიტიკის” დეპარტამენტი შეიქმნა 2011 წელს და მას 2021 წლამდე ხელმძღვანელობდა პროფ. გ. დობორჯგინიძე. 2021 წლიდან ,,საავტომობილო ტრანსპორტისა”  და “ლოგისტიკის” დეპარტამენტები გაერთიანდა და ეწოდა  „საავტომობილო ტრანსპორტისა და ლოგისტიკის” დეპარტამენტი.

დაარსებიდან 1998 წლამდე ,,საავტომობილო ტრანსპორტის“ კათედრის გამგეები იყვნენ: პროფ. გ უშვერიძე (1940-1970 წ.წ.), დოც. გ. მეძმარიაშვილი (1970-1982 წ.წ.), პროფ. ი. ქოჩიაშვილი (1982-1987 წ.წ.), პროფ. მ. ედილაშვილი (1987-1993 წ.წ.), პროფ. ვ. ლეკიაშვილი (1993-1998 წ.წ.).

1946-1960 წლებში ,,ავტომობილების, ტრაქტორების და საავტოტრაქტორო ძრავების“ კათედრის   გამგე იყო საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსი, პროფ. რ. დვალი, 1960-84 წ.წ. - საქართველოს საინჟინრო აკადემიის წევრი, პროფ. რ. ფარცხალაძე. ,,შიგაწვის ძრავების“ კათედრის გამგე 1971-1977 წლებში  იყო პროფ. დ. პეტრიაშვილი, ხოლო 1977-1984 წ.წ. დოც. ჯ.იოსებიძე. პროფ. ჯ.იოსებიძე 1984-1998 წ.წ.  ხელმძღვანელობდა ,,ავტომობილების, შიგაწვის ძრავებისა და საწვავ-საზეთი მასალების“ კათედრას, ხოლო 2021 წლამდე ,,საავტომობილო ტრანსპორტი” დეპარტამენტს.

2021 წლიდან,,საავტომობილო ტრანსპორტისა და ლოგისტიკის” დეპარტამენტის ხელმძღვანელი არის საქართველოს და საერთაშორისო საინჟინრო აკადემიების და საქართველოს ეკოლოგიურ მეცნიერებათა აკადემიის ნამდვილი წევრი, პროფ.  ჯ. იოსებიძე.

დეპარტამენტი სხვადასხვა დროს ამზადებდა სპეციალისტებს შემდეგი სპეციალობებით: ,,ავტომობილები და საავტომობილო მეურნეობა“, ,,ავტომობილები და ტრაქტორები“, ,,შიგაწვის ძრავები“, ,,გადაზიდვების ორგანიზაცია და მართვა საავტომობილო ტრანსპორტზე“, ასევე  სპეციალიზაციებით: ,,საწვავ-საზეთი მასალების რაციონალური გამოყენება“, ,,ავტომობილების ეკოლოგიური უსაფრთხოება“, ,,საბაჟო საქმე სახმელეთო ტრანსპორტზე“ და ,,სატრანსპორტო ლოგისტიკა”. უნდა აღინიშნოს, რომ ბოლო ოთხი სპეციალიზაცია საქართველოში პირველად შეიქმნა და განხორციელდა ,,საავტომობილო ტრანსპორტის” დეპარტამენტში.

ამჟამად ,,საავტომობილო ტრანსპორტისა და ლოგისტიკის” დეპარტამენტი ამზადებს ბაკალავრებს, მაგისტრებს და დოქტორატებს სპეციალობით ,,ტრანსპორტი” და ბაკალავრებს და მაგისტრებს სპეციალობით ,,ლოგისტიკა”. ამასთან, 2015 წლიდან გერმანიის ვილდაუს უნივერსიტეტთან ერთად ხორციელდება ორდიპლომიანი ქართულ-გერმანულენოვანი საბაკალავრო პროგრამა.

1946 წლიდან დღემდე დეპარტამენტმა 10 000-ზე მეტი სპეციალისტი მოამზადა, მათ შორის  იყო და არის მრავალი მინისტრი, მინისტრის მოადგილე, პარლამენტარი, მთავარი ინჟინერი, აკადემიკოსი, პროფესორი, ფირმის ხელმძღვანელი და სხვ.

სპეციალისტთა მაღალ დონეზე მომზადების რეალიზებისათვის მყარ საფუძველს წარმოადგენდა და წარმოადგენს თანამედროვე მოთხოვნების შესაბამისად დამუშავებული საგანმანათლებლო პროგრამები; სილაბუსები დეპარტამენტის პროფესორ–მასწავლებელთა მაღალი პედაგოგიური, მეცნიერული დონე და მონდომება; მათ მიერ დამუშავებული, მრავალი ათეული დასახელების,  თანამედროვე მიღწევების ამსახველი სახელმძღვანელოები და მეთოდური ლიტერატურა; თანამედროვე იმიტაციური მოდელებით, მართვის კომპიუტერული სისტემებით, რეალური აგრეგატებით, დიაგნოსტირების და საგამოცდო დანადგარებით აღჭურვილი ლაბორატორიული ბაზა და ა.შ.

დეპარტამენტის მეცნიერული მუშაობის ძირითადი მიმართულებებია: საავტომობილო გადაზიდვების ეფექტიანობის; ავტომობილების  ხანგამძლეობის, საწვავ-ეკონომიურობის, მოძრაობის და ეკოლოგიური უსაფრთხოების ამაღლების ლოგისტიკური მეთოდების დამუშავება. გამოქვეყნებულია მრავალი მონოგრაფია და  სამეცნიერო სტატია საქართველოსა და უცხოეთში. მათ შორის 2 მონოგრაფია აღინიშნა საქართველოს სახელმწიფო პრემიით, მეცნიერებისა და ტექნიკის დარგში. ნაშრომები ავტომობილების საწვავ-ეკონომიურობისა და ეკოლოგიურობის შესახებ და  აღმოჩენის დონის ე.წ. „მოხახუნე ზედაპირებზე ნანოდისპერსული ალმასების მეორეული შრის ეფექტი”.

დანერგვის ფაზაშია დეპარტამენტის თანამშრომლების მიერ დამუშავებული ავტომობილების საწვავ-ეკონომიურობის დადგენის და ამაღლების მეთოდები, კონკურენტუნარიანი საავტომობილო ზეთები და პლასტიკური საცხებები (სახელწოდებით „კოლხეთი“) და სხვ. დეპარტამენტს მჭიდრო შემოქმედებითი კავშირები აქვს დამყარებული საქართველოს და საზღვარგარეთის (გერმანიის, ლიტვის, პოლონეთის, უკრაინის, აზერბაიჯანის) უმაღლესი სასწავლებლების და კვლევითი ინსტიტუტების შესაბამისი პროფილის კათედრებთან და ლაბორატორიებთან.

,,საავტომობილო ტრანსპორტისა და ლოგისტიკის” დეპარტამენტის კურსდამთავრებული სპეციალისტების დასაქმება ხდება საავტომობილო ფირმების ”მერსედესი”, “ოპელი”, „ფოლკსვაგენი”, “რენო”, “ტოიოტა”, “მიცუბიში”, „თეგეტა მოტორსი“ „ავტობანი“ და ა.შ. სერვისცენტრებსა და ლოგისტიკურ ცენტრებში, საგზაო-საპატრულო პოლიციის,  გარემოს დაცვის, თავდაცვის სამსახურებში და სხვა,  რომელთა რაოდენობა ყოველწლიურად იზრდება და, შესაბამისად, იზრდება მოთხოვნა საავტომობილო ტრანსპორტის და ლოგისტიკის  ახალგაზრდა სპეციალისტებზე.